Theo hướng dẫn của Trung tâm Kiểm soát bệnh Mỹ (CDC) và ở nước ta đang áp dụng thì thuốc được dùng trong viêm niệu đạo nam như sau: Nếu xét nghiệm vi khuẩn (N. Gonorrhoeae, Ch, Tracomatis) cho kết quả dương tính thì dùng azithromycin hoặc dùng doxyclin phối hợp với  cefixim (uống) hoặc tiêm bắp ceftriaxon. Nếu xét nghiệm vi khuẩn cho kết quả âm tính thì hoãn điều trị. Ngoại lệ, nếu xét thấy nguy cơ bệnh lây truyền qua đường tình dục cao, người bệnh không có khả năng quay lại thì vẫn có thể điều trị theo phác đồ trên. Do tình hình kháng thuốc cao nay không dùng fluoroquinolon trong điều trị. Nếu người bệnh tự ý dùng fluoroquinon thì cần xét nghiêm lại vi khuẩn xem có thật đạt hiệu quả không.

Vi khuẩn N. Gonorrhoeae - Một thủ phạm gây viêm niệu đạo nam.

Azithromycin cũng là thuốc đặc trị với các khuẩn gây viêm niệu đạo không do lậu như  Mycoplama genitalium, Ureaplasm, cho nên dùng phác đồ azithromycin sẽ có hiệu quả nếu bị nhiễm hai khuẩn này. Tuy nhiên, Mycoplama genitalium có tính kháng azithromycin cao nên nếu dùng phác đồ này mà vẫn còn nhiễm Mycoplasma genitalium dai dẳng thì kéo dài ngày hơn hay thay thế bằng thuốc khác.

Ở những vùng có tỷ lệ nhiễm Tricomonas (trùng roi ) cao, vẫn dùng phác đồ này nhưng nên thêm metronidazol  hay tinidazol vào phác đồ.

Có những nhiễm khuẩn niệu đạo nam có triệu chứng lâm sàng nhưng xét nghiệm vi khuẩn cho kết quả âm tính, dùng azithromycin thì các triệu chứng do chúng gây ra cũng giảm tới 85%, chứng tỏ azithromycin có hiệu lực trên các chủng này (Theo Maeda S-2009).

Cũng theo một số nghiên cứu mới đây cho biết: Viêm niệu đạo nam do giang mai ở người nhiễm HIV thì dùng azithromycin cho kết quả 76,8%, tương đương với kết quả tiêm penicillin chậm 78,5% (theo Journal Watch Infectious Disease  May 5,2010). Như vậy trong trường hợp này thì việc dùng phác đồ azithromycin là  có lợi.

Sau điều trị viêm niệu đạo nam 3 tháng, cần tái khám, điều trị lại theo phác đồ azithromycin dùng trong 5 ngày, hay doxyclin dùng trong 7 ngày kết hợp với metronidazol dùng 1 liều duy nhất.

Mục đích điều trị viêm niệu đạo nam là nhằm giảm triệu chứng, nhận diện và chống các nhiễm khuẩn, các bệnh lây truyền qua đường tình dục, các nhiễm khuẩn không lậu, làm giảm các điều kiện thuận lợi gây bệnh lây truyền qua đường tình dục, kể cả HIV. Azithromycin theo trên như một kháng sinh đa năng đáp ứng được các mục đích điều trị này.